2015年3月，中心进一步扩大协同范围，形成了高校、研究机构、政府部门、社会组织协同发展的架构。同时原“儒学与中华文化复兴协同创新中心”正式更名为“儒家文明协同创新中心”。中心核心协同单位有山东大学、清华大学、北京师范大学、浙江大学、四川大学、华东师范大学、曲阜师范大学，主要参与单位有孔子学院总部/国家汉办、文化部民族民间文艺发展中心、山东省人民政府、济宁市人民政府、曲阜市人民政府，国际儒学联合会、中国孔子基金会、山东社会科学院、孔子研究院、孟子研究院、山东省图书馆、山东教育电视台、尼山圣源书院、台湾大学人文社会高等研究院、夏威夷大学中国研究中心等。

为了日常事务的正常运作与组织机构的和谐发展，中心成立了由理事会、学术委员会和管理委员会组成的学术和行政决策运行体系。理事会为中心重大发展事项决策机构，学术委员会为中心最高学术决策机构。儒家文明协同创新中心在7所协同高校分设中心，各中心主任及特邀代表组成中心管理委员会。管理委员会是中心的日常运行管理机构。在2015年3月21日召开的儒家文明协同创新中心理事会年度会议上，通过了理事会章程，张荣当选中心理事会理事长，陈来当选中心学术委员会主任，陈炎当选中心管理委员会主任。在2017年9月19日召开的儒家文明协同创新中心理事会年度会议上，根据工作需要对中心理事会和管理委员会进行了调整，樊丽明当选中心理事会理事长，王学典当选中心管理委员会主任。

成立伊始，中心即按照“国家急需、世界一流、制度先进、贡献重大”的要求，依据科学研究、学科建设、资政育人“三位一体”的方针，通过体制机制创新，凝聚海内外儒学研究力量，加强中华传统文化领域的协同研究与实践，推动中华优秀传统文化的创造性转化与创新性发展，打造中国乃至世界儒家文明传承创新的重镇。为了实现这一目标，中心紧紧围绕儒家文明与当代中国文化战略、儒家文明与世界文明对话、儒家文明实践与推广、优秀传统文化教育、儒家文明文献整理研究与数字化建设、儒家文明实物资源大数据库建设等现实重大问题展开相关研究与实践。近年来，中心在周易研究、诗经研究、三礼研究、传统小学、乡村儒学研究方面，培养了一批专门人才；中心学者承担了“中华传统文化的创造性转化与创新性发展”、“文明、文化与构建和谐世界研究”、“百年易学研究菁华集成”、“道不远人：中国传统哲学的智慧”、“中国传统礼学文献专题研究”等若干有影响的科研项目；产出了《20世纪儒学通志》、《百年易学菁华集成》、《两汉全书》、《国际儒学发展报告》、《朱子全书》、《孔子家语通解》等一批有分量的成果，为中心培育建设与发展奠定了良好的基础。

推动儒家文明协同创新中心建设，必将有利于理清中华优秀传统文化的历史渊源、发展脉络和基本走向，增强文化自信和价值观自信；有利于挖掘汲取中华优秀传统文化的思想精华和道德精髓，促进社会主义核心价值体系建设；有利于提升国家文化软实力，推动中华文化走向世界。